第二步是给有关官员打招呼。一时雍正的亲信，要求他们要与年羮尧划清界限，揭发年的劣迹，以争取保全自身；一是年羮尧不喜欢的人，使他们知道皇帝要整治年了，让他们站稳立场；一时与年关系一般的人，让他们提高警惕，疏远和摆脱年羮尧，不要投错了阵营。这就是为公开处治年羮尧做好了准备。
第三步把矛头直指向年羮尧，将其调离西安老巢。到了雍正三年正月，雍正对年羮尧的不满开始公开化。年指使陕西巡抚胡期恒参奏陕西驿道金南瑛一事，雍正说这是年任用私人、乱结朋党的做法，不予准奏。
年羮尧曾经参劾四川巡抚蔡珽，以使其私人王景灏得以出任四川巡抚。这时雍正已经暗下决心要打击年羮尧，蔡珽被押到北京后，雍正不同意刑部把他监禁起来，反而特地召见他。蔡珽陈述了自己在任时因对抗年羮尧而遭诬陷的情况，又上奏了年羮尧“贪暴”的种种情形。雍正于是传谕说：“蔡珽是年羮尧参奏的，若把他绳之以法，人们一定会认为是朕听了年羮尧的话才杀他的。这样就让年羮尧操持了朝廷威福之柄”。因此，雍正不仅没有给蔡珽治罪，而且升任他做了左都御史，成为对付年羮尧的得力工具。
雍正三年三月，出现了“日月合璧，五星联珠”的所谓“祥瑞”，群臣称贺，年羮尧也上贺表称颂雍正夙兴夜寐，励精图治。
但是，表中字迹潦草，又一时疏忽把“夕惕朝乾”误写为“朝惕夕乾”。雍正抓住这个把柄借题发挥，说年羮尧本来不是一个办事精心的人，这次是故意不把“朝乾夕惕”四个字“归之于朕耳”。并认为这是他“自恃己功，显露不敬之意”，所以对他在青海立的战功，“亦在朕许与不许之间”。接着雍正更换了四川和陕西的官员，先将年羮尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署理四川提督纳泰调回京，使其不能在任所作乱。四月，解除年羮尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。
最后一步是勒令年羮尧自裁。年羮尧调职后，内外官员更加看清形势，纷纷揭发其罪状。雍正以俯从群臣所请为名，尽削年羮尧官职，并于当年九月下令捕拿年羮尧押送北京会审。十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羮尧开列92款大罪，请求立正典刑。其罪状分别是：大逆罪5条，欺罔罪9条，僭越罪16条，狂悖罪13条，专擅罪6条，忌刻罪6条，残忍罪4条，贪婪罪18条，侵蚀罪15条。
雍正皇帝说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念及年羮尧功勋卓著、名噪一时，“年大将军”的威名举国皆知，如果对其加以刑诛，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上心狠手辣、杀戮功臣的罪名，于是表示开恩，赐其狱中自裁。年羮尧父兄族中任官者俱革职，嫡亲子孙发遣边地充军，家产抄没入官。叱咤一时的抚远大将军以身败名裂、家破人亡告终。
雍正皇帝仅仅用了十四个月的时间，就让年羮尧就从权力的巅峰跌入死囚牢中，不仅他本人做梦也想不到，就是许多王公大臣也觉得奇怪：年羮尧的九十二大罪状可谓件件有据可查，难道这是新发现的吗？显然这是秋后算账的结果。那么，他获罪失宠的真正原因是什么？他送命的症结又在哪里？
雍正公布的这些罪状，任选一条就可以把年羮尧扳倒，何况他有九十二大罪状？然而，也有人不同意这种说法。认为即使这些罪名全部成立，以年羮尧对皇帝的忠诚，特别是他曾立下抚平西北的不世之功，雍正也不至于这么快就把他罢黜，更不会下狠心将其处死。因此，年羮尧落到这个下场，完全在于另外的原因。
一是欲擒故纵说。康熙本想立十四子胤祯为帝，四子胤禛伙同年羮尧、鄂尔泰、隆科多等人，趁康熙临终之时矫诏篡立，年羮尧以手中重兵钳制了胤祯，熟知宫变内幕。因此，雍正刚登帝位，对年羮尧大加恩赏，使其稳定阵脚，继而西北动乱，又需年大将军带兵平叛。待他平定了叛乱，雍正也坐稳了江山，便腾出手来卸磨杀驴，网罗罪名除掉这个重要知情人。
但是，当时胤祯并未受到年羮尧的钳制。因为胤禛继位这一高度机密，隆科多手握京师兵权，康熙驾崩之后连续六天封锁京城九门，消息无法外泄；而雍正继位的时候，年羮尧尚在四川平乱，并未参加篡立之事，不可能知晓内情，故欲擒故纵、杀人灭口之说难以成立。
二是情报失灵说。雍正登基以后，为了加强中央集权，粉碎结党行为，曾派侍卫细心搜访显要大员的情况。据说，雍正的手段非常厉害。但是令雍正感到意外的是，他派去监视年羮尧的特务，竟然给年羮尧牵马，充作下人。雍正感到特别痛心，想不到自己最信任、最重用的人，竟然是最有负于他的人。此说虽有一定的道理，但只能算年羮尧倒台的原因之一。而且较之以上列举的其他罪行，这也不是主要原因。
三是说年羮尧的杀身之祸是因为他有做皇帝的念头，可是观天象说不可，雍正知道了当然不能让他活命。乾隆时期的一名学者在《永宪录》中提道：年羮尧与静一道人、占象人邹鲁都曾商谈过图谋不轨的事。有的学者也持此说，认为“羮尧妄想做皇帝，最难令人君忍受，所以难逃一死”。而《清代轶闻》一书则记载了年羮尧失宠被夺兵权后，“当时其幕客有劝其叛者，年黯然久之，夜观天象，慨然长叹曰：‘不谐矣。’始改就臣节”。说明年确有称帝之心，只因“事不谐”，方作罢“就臣节”。其实这种说法是没有充分依据的。
四是“兔死狗烹”说。有一种观点认为，年羮尧参与了雍正夺位的活动，雍正帝即位后反遭猜忌以至被杀。不只是稗官野史，一些学者也持这种看法。据说，康熙帝原已指定皇十四子胤祯继位，雍正帝矫诏夺位，年羮尧也曾参与其中。他受雍正帝指使，拥兵威慑在四川的皇十四子，使其无法兴兵争位。雍正帝登基之初，对年羮尧大加恩赏，实际上是欲擒故纵，待时机成熟，即罗织罪名，卸磨杀驴，处死年羮尧这个知情之人。有人不同意此说，主要理由是雍正帝继位时，年羮尧远在西北，并未参与矫诏夺位，亦未必知晓其中内情。但客观上讲，当时年羮尧在其任内确有阻断胤祯起兵东进的作用。
关于雍正篡改遗诏夺取皇位的情况，许多著述都进行了阐释，各家说法，见仁见智，莫衷一是。雍正即位一事，确实疑点很多。而他即位后，又先后处置了原来最为得力的助手隆科多和年羮尧，让人更不禁要怀疑这是做贼心虚、杀人灭口。当然，这只能算是合理推定，尚无铁的资料作为支撑。所以，这种怀疑套句俗语说就是：“事出有因，查无实据。”
